Hauptaufgabe des Forschungsverbundes Community Medicine ist die Durchführung von Forschungsprojekten, die in der Mehrzahl drittmittelfinanziert sind. In begrenztem Umfang können Projekte auch vom FVCM selbst initiiert werden. Neben den eigenen Projekten unterstützt der Forschungsverbund Kooperationsprojekte seiner Mitglieder mit internen und externen Partnern. Daneben können externe Wissenschaftler aus anderen Universitäten, Forschungsinstitutionen und der Industrie Daten und Materialien aus den bevölkerungsbezogenen epidemiologischen Studien des Forschungsverbundes erhalten. Hierfür existiert ein standardisiertes Antrags- und Vergabeverfahren.

Viele Projekte des Forschungsverbundes werden im unmittelbaren Kontext der SHIP oder des SNiP durchgeführt. Diese beziehen SHIP oder SNiP-Probanden ein und/oder nutzen deren Studienlogistik (assoziierte Projekte). Daneben werden innerhalb des FVCM auch von SHIP und SNiP unabhängige Projekte durchgeführt (Einzelprojekte).