Das Institut für Pathophysiologie ist zusammen mit dem Institut für Physiologie im Forschungs- und Klinikzentrum in Karlsburg untergebracht.
Es gehört seit 1996 zur Universität und zum Klinkum der Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald und nimmt vielseitige Aufgaben in Forschung und Lehre in Medizin, Biologie und Pharmazie wahr.
Dem Institut für Pathophysiologie ist die Abteilung Versuchstierkunde des Klinkums assoziiert, welche ebenfalls in Karlsburg angesiedelt ist.