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OMICS Bioanalytik und Bioinformatik

Die Abteilung für Funktionelle Genomforschung setzt Techniken der Funktionellen Genomanalysen, die von der genomweiten Kartierung von Einzelnukleotidpolymorphismen (SNPs), über Transkriptomanalysen bis hin zur Charakterisierung des Proteoms und von Protein-Interaktionsnetzwerken reichen, zur Charakterisierung verschiedenster Fragestellungen ein. Dazu wurde eine einzigartige Technologieplattform etabliert, deren Kernstück die Proteomplattform ist. Diese Technologieplattformen (Genomics, Transkriptomics, Proteomics), die durch eine Metabolomics-Plattform im Institut für Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin ergänzt werden sowie die für die Auswertung der komplexen Daten entwickelten bioinformatischen Analysepiplines, sind über die Core-Unit „OMICs-Analytik und Bioinformatik“ für die Einrichtungen der Universitätsmedizin zur Durchführung von OMICs-Analysen verfügbar. 

CoreUnit_Omics.jpg

Für die Durchführung der Analysen stehen folgende Geräte zur Verfügung:

Genomics/ Transcriptomics:

  • Affymetrix-basierte Array-Prozessierungsplattform
  • Agilent--basierte Array-Prozessierungsplattform

Proteomics:

  • Orbitrap Massenspektrometer
  • Orbitrap Velos-Massenspektrometer
  • Q-Exactive Massenspektrometer
  • TSQ-Vantage Massenspektrometer
  • Synapt G2-Si Massenspektrometer
  • Proteomics Analyzer 4800 and 5800

Zum Spektrum der möglichen Analysen zählen:

  • Transkriptomanalysen aus humanen Geweben sowie Zellkultur- und Tiermodellen
  • Proteomanalysen von Körperflüssigkeiten (Speichel, Urin, Plasma) sowie Gewebeproben
  • Analyse posttranslationaler Modifikationen von Proteinen
  • Analyse von Protein-Protein-Interaktionen
  • Quantifizierung von Proteinen und Proteinstöchiometrien unter Einsatz interner Standards

 

Kontakt

Dr. Leif Steil
Universitätsmedizin Greifswald
Interfakultäres Institut für Genetik und Funktionelle Genomforschung
Abteilung Funktionelle Genomforschung

E-Mail: leif.steiluni-greifswaldde
Telefon: 03834 86-5872

 

Prof. Dr. Uwe Völker
Universitätsmedizin Greifswald
Interfakultäres Institut für Genetik und Funktionelle Genomforschung
Abteilung Funktionelle Genomforschung

E-Mail: uwe.voelkeruni-greifswaldde
Telefon: 03834 86-5870