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Core Unit Funktionelle Genomforschung

Die Abteilung für Funktionelle Genomforschung setzt Techniken der Funktionellen Genomanalysen, die von der genomweiten Kartierung von Einzelnukleotidpolymorphismen (SNPs), über Transkriptomanalysen bis hin zur Charakterisierung des Proteoms und von Protein-Interaktionsnetzwerken reichen, zur Charakterisierung verschiedenster Fragestellungen ein. Dazu wurde eine einzigartige Technologieplattform etabliert, deren Kernstück die Proteomplattform ist. Diese Technologieplattformen (Genomics, Transkriptomics, Proteomics), die durch eine Metabolomics-Plattform im Institut für Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin ergänzt werden sowie die für die Auswertung der komplexen Daten entwickelten bioinformatischen Analysepiplines, sind über die Core-Unit „OMICs-Analytik und Bioinformatik“ für die Einrichtungen der Universitätsmedizin zur Durchführung von OMICs-Analysen verfügbar. 

CoreUnit_Omics.jpg

Für die Durchführung der Analysen stehen folgende Geräte zur Verfügung:

Genomics/ Transcriptomics:

  • QiaCube
  • Nanodrop 8000
  • Qubit Fluorometer
  • ABI Quantstudio 7 qRT-PCR
  • Nanostring nCounter prep Station
  • Affymetrix-basierte Array-Prozessierungsplattform
  • Agilent--basierte Array-Prozessierungsplattform

Proteomics:

  • Orbitrap Massenspektrometer
  • Orbitrap Velos-Massenspektrometer
  • Q-Exactive Massenspektrometer
  • Orbitrap Exploris 480 Massenspektrometer
  • FAIMS unterstützte Massenspektrometrie (gefördert durch die Europäische Union)
  • TSQ-Vantage Massenspektrometer
  • Synapt G2-Si Massenspektrometer
  • TIMS TOF Pro Massenspektrometer (gefördert durch die Europäische Union)


Zum Spektrum der möglichen Analysen zählen:

  • Transkriptomanalysen aus humanen Geweben sowie Zellkultur- und Tiermodellen
  • Relative Quantifizierung zellbasierter und zirkulierender RNA Spezies (mRNA, lnc RNA, miRNA)
  • Absolute Quantifizierung (Standardkurve qRT-PCR) Proteomanalysen von Körperflüssigkeiten (Speichel, Urin, Plasma) sowie Gewebeproben
  • Analyse posttranslationaler Modifikationen von Proteinen
  • Analyse von Protein-Protein-Interaktionen
  • Quantifizierung von Proteinen und Proteinstöchiometrien unter Einsatz interner Standards

Kontakt

Dr. Leif Steil (Proteomics)
Universitätsmedizin Greifswald
Interfakultäres Institut für Genetik und Funktionelle Genomforschung
Abteilung Funktionelle Genomforschung

E-Mail: leif.steiluni-greifswaldde
Telefon: 03834 420-5810

 

Dr. Sabine Ameling (Transkriptomics)
Universitätsmedizin Greifswald
Interfakultäres Institut für Genetik und Funktionelle Genomforschung
Abteilung Funktionelle Genomforschung

E-Mail: amelingsuni-greifswaldde
Telefon: 03834 420-5818