Forschung
Die Abteilung für Medizininformatik (MILA) ist dem FAIRen Datenmanagement verpflichtet. Wir konzentrieren uns auf praktische und theoretische Aspekte des Forschungsdatenmanagements in den biomedizinischen und klinischen Wissenschaften.
Unsere Forschungsinteressen umfassen die standardisierte/übergreifende Datenintegration bei/für Gesundheitsdienstleistern, die Herkunft von Forschungsdatenelementen, Wissensgraphen, FAIR-Metriken und die Digitalisierung von Gesundheitsdienstleistungen.
Projekte
Graphdatenbanken
Was sind Graphdatenbanken? Einfache Antwort: großartig!
In einer stark vernetzen Welt, die enorme Mengen (meist) heterogener Daten produziert, sind Graphdatenbanken eine mögliche Lösung für aktuelle Probleme der Datenspeicherung, -verarbeitung oder -integration.
Ein Datenbankmanagementsystem, das auf die Speicherung und Verarbeitung eines Graphen (genauer, ein so genannter “property graph”) zugeschnitten ist, wird als Graphdatenbank bezeichnet. Das Modell eines property graph hat Knoten, Kanten und Eigenschaften, die mit ihnen verbunden sind.
In den letzten Jahren haben verschiedene Graphdatenbanken das Licht der Welt erblickt - eine davon ist Neo4j.
Wir verwenden Neo4j als Datenbankmanagementsystem für unsere Graphdatenbank MaSyMoS - ein Managementsystem für Modelle und Simulationen und für das CovidGraph-Projekt.
MaSyMoS
Im Projekt MaSyMoS (Management System for Models and Simulations) wird eine graphbasierte Datenspeicherung für effizientes Suchen und Ähnlichkeitsbestimmung in Simulationsstudien der Systembiologie und Systemmedizin auf Basis einer Graph-Datenbank entworfen. Dazu werden Informationen aus verschiedenen Domänen, z.B. Modelle, Simulationsbeschreibungen und Ontologien, extrahiert und in geeigneter Weise verknüpft. Dies ermöglicht das Abfragen von Wissen als klassische wortbasierte Suche und kombiniert diese mit strukturierten Anfragen auf Wissensgraphen.
- Projektlink
- Publikationen
- Kontakt: Ron Henkel
AKTUELLES
- MILA-Seminar - Should you get a PET? Data curation and publication in a digital health context.
- MILA-Seminar - Using Neo4j for biochemical insights
- Job Offers Scientific Staff and PhD positions at MeDaX Junior Group starting Jan 2023 (published 21.11.2022)
- Thementag Forschungsdaten 26.-28.09.2022
- CovidGraph: a graph to fight COVID-19 new paper out in Oxford Bioinformatics