Die Integrated Research Biobank (IRB) am Institut für Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin (IKCL) der UMG ist die zentrale Biobankressource der Universitätsmedizin Greifswald zur Durchführung populationsbasierter, epidemiologischer und klinischer Studien zur Übertragung von Forschungshypothesen und -ergebnissen in die Bereiche der individualisierten Medizin und Präventionsmedizin.

Als Core Unit der UMG unterstützt die IRB Wissenschaftler und Studienleiter bei der Konzeption, Planung und Durchführung von Biomaterialsammlungen, sowie der Annahme, Verarbeitung und Lagerung unterschiedlichster Biomaterialien.

Die zeitnahe, zuverlässige und sichere Sammlung, Einlagerung und Verfügbarkeit hochqualitativer Biomaterialien (z.B. Serum, EDTA-Plasma, Urin, Speichel, DNA) wird durch den Betrieb eines vollautomatisierten -80°C Probenlagers bei hochstandardisierten Prozessen im Bereich des Bioprobenhandlings gewährleistet. Im Jahr 2016 wird die Kapazität der automatisierten Biobank durch ein weiteres Modul wesentlich vergrößert. Die momentane Lagerkapazität liegt bei ca. 500.000 Aliquoten und wird sich durch die Erweiterung auf über 3 Millionen erhöhen. Die damit verbundenen Biobankprozesse finden unter strikter Einhaltung höchster Qualitätsstandards und geltender ethischer, rechtlicher und datenschutzrelevanter Rahmenbedingungen statt.

Die in der IRB gesammelten Biomaterialien und Daten stehen der Nutzung für nationale und internationale Wissenschaftler biomedizinischer Forschungsprojekte grundsätzlich zur Verfügung und können bei der Transferstelle für Daten- und Biomaterialienmanagement beantragt werden.

Darüber hinaus unterstützt die IRB Greifswald mit seiner Expertise die Professionalisierung und Standardisierung von Biobank-Prozessen im Deutschen Zentrum für Herz-Kreislauf-Forschung (Leitung Scientific Infrastructure) und der Nationalen Kohorte (Sprecher der AG Bioproben und Mitglied des Epidemiologischen Planungskomitees).

Neuroimaging group at the University Medicine of Greifswald, Institute for Radiology and Neuroradiology, Functional Imaging Unit

Übersicht der DFG-Förderung an M. Lotze:
gepris.dfg.de/gepris/person/1676530?context=person&task=showDetail&id=1676530&

Informationen zu möglichen Promotionsvorhaben an der Arbeitsgruppe:
Es handelt sich stets um kumulative Promotionen. Stipendien können gerne gemeinsam beantragt werden. Auch Promotionsvorhaben aus anderen Fakultäten (vor allem der Mathematisch Naturwissenschaftlichen Fakultät) unter Drittmittelfinanzierung sind möglich. Voraussetzung sind Interesse an funktioneller Neurowissenschaft sowie gute bis sehr gute Kenntnisse in englischer Sprache. Wissenschaftliche Vorkenntnisse und/oder Kenntnisse im Umgang mit Auswertung umfangreicher Datensätze wären ideal. Die Arbeitsgruppe ist gut international vernetzt und ein internationaler Austausch ist möglich. Informationen per email über den Leiter der Arbeitsgruppe (siehe Mitarbeiter).

• Homepage der funktionellen Bildgebung

Die Core Unit Cytometry (CU) ist eine Idee von Prof. Barbara Bröker. Die CU wurde im Jahr 2019 gegründet und ist an der Abteilung für Immunologie, Institut für Immunologie und Transfusionsmedizin, Universitätsmedizin Greifswald angesiedelt. Das grundlegende Ziel der Core Unit besteht darin, eine Multiuser-Plattform anzubieten, die Forschern aller Institutionen der UMG und der Universität Greifswald Zugang zu Spitzentechnologien ermöglicht und so die Qualität ihrer Forschung steigert.

Dienstleistungen der CU Zytometrie

1. Durchflusszytometrie

Die Durchflusszytometrie ist eine leistungsstarke Hochdurchsatztechnologie, die sich in kurzer Zeit zu einem unverzichtbaren Instrument für die Analyse mehrerer Merkmale einzelner Zellen innerhalb einer bestimmten Population entwickelt hat. Mit dieser Technologie können Forscher verschiedene Untersuchungen durchführen, darunter das Expressionsprofil von Oberflächen- und intrazellulären Markern, Zellzyklusanalysen, Zellproliferation und Zelltod (Apoptose oder Nekrose).

2. Chipzytometrie

Neben der Durchflusszytometrie wird die CU Cytometry den Anwendern eine Technologie der nächsten Generation bieten. Die Chipzytometrie ist ein innovatives Verfahren, das auf der Immobilisierung von Zellen oder Gewebe auf einem speziellen Objektträger namens „Chip“ basiert. Mit der Chip-Zytometrie kann ein Forscher eine praktisch unbegrenzte Anzahl von Biomarkern von Interesse an einer einzigen Gewebe- oder Zellsuspensionsprobe analysieren. Der Vorteil der Chip-Zytometrie besteht darin, dass Forscher hinsichtlich der Morphologie auf Einzelzellebene arbeiten und Expressionsprofile von Biomarkern sowohl auf Oberflächen- als auch auf intrazellulärer Ebene erstellen können. Darüber hinaus sind die Chips bis zu zwei Jahre haltbar.

• Homepage der Zytometrie

Die Abteilung für Funktionelle Genomforschung setzt Techniken der Funktionellen Genomanalysen, die von der genomweiten Kartierung von Einzelnukleotidpolymorphismen (SNPs), über Transkriptomanalysen bis hin zur Charakterisierung des Proteoms und von Protein-Interaktionsnetzwerken reichen, zur Charakterisierung verschiedenster Fragestellungen ein. Dazu wurde eine einzigartige Technologieplattform etabliert, deren Kernstück die Proteomplattform ist. Diese Technologieplattformen (Genomics, Transkriptomics, Proteomics), die durch eine Metabolomics-Plattform im Institut für Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin ergänzt werden sowie die für die Auswertung der komplexen Daten entwickelten bioinformatischen Analysepiplines, sind über die Core-Unit „OMICs-Analytik und Bioinformatik“ für die Einrichtungen der Universitätsmedizin zur Durchführung von OMICs-Analysen verfügbar. 

Für die Durchführung der Analysen stehen folgende Geräte zur Verfügung:

Genomics/ Transcriptomics:

• QiaCube
• Nanodrop 8000
• Qubit Fluorometer
• ABI Quantstudio 7 qRT-PCR
• Nanostring nCounter prep Station
• Affymetrix-basierte Array-Prozessierungsplattform
• Agilent--basierte Array-Prozessierungsplattform

Proteomics:

• Orbitrap Massenspektrometer
• Orbitrap Velos-Massenspektrometer
• Q-Exactive Massenspektrometer
• Orbitrap Exploris 480 Massenspektrometer
• FAIMS unterstützte Massenspektrometrie (gefördert durch die Europäische Union)
• TSQ-Vantage Massenspektrometer
• Synapt G2-Si Massenspektrometer
• TIMS TOF Pro Massenspektrometer (gefördert durch die Europäische Union)

Zum Spektrum der möglichen Analysen zählen:

• Transkriptomanalysen aus humanen Geweben sowie Zellkultur- und Tiermodellen
• Relative Quantifizierung zellbasierter und zirkulierender RNA Spezies (mRNA, lnc RNA, miRNA)
• Absolute Quantifizierung (Standardkurve qRT-PCR) Proteomanalysen von Körperflüssigkeiten (Speichel, Urin, Plasma) sowie Gewebeproben
• Analyse posttranslationaler Modifikationen von Proteinen
• Analyse von Protein-Protein-Interaktionen
• Quantifizierung von Proteinen und Proteinstöchiometrien unter Einsatz interner Standards

Zentraler Bestandteil von Projekten der klinischen, klinisch-epidemiologischen und epidemiologischen Forschung sind datenschutzgerechte Verfahren bei der Speicherung und Nutzung personenbezogener Daten. Basierend auf den gesetzlichen Bestimmungen haben sich in der Praxis konkrete Verfahren zur Umsetzung etabliert, so werden u.a. durch die TMF e.V. konkrete Modelle zur Verteilung der Rollen bei der Datenverarbeitung vorgeschlagen. Ein zentrales Element stellt dabei die frühestmögliche Trennung der Forschungsdaten von den identifizierenden Daten (IDAT) der beteiligten Personen dar. Für die Verwaltung der IDAT wird die Rolle des Datentreuhänders vorgeschlagen, welche sowohl unabhängig von der datengenerierenden Einrichtung als auch von nachgeordneten Forschungseinrichtungen agiert. Zur Umsetzung des Datenschutzes können durch den Datentreuhänder u.a. folgende Aufgaben übernommen werden:

• Führung von Patient*innenlisten unter Einbeziehung technischer Verfahren zu eindeutiger Identifizierung, Dopplerausschluss und Record Linkage
• Verwahrung und Prüfung von Einverständniserklärungen von Patient*innen und Proband*innen
• Pseudonymisierung / Anonymisierung
• Abgleich von Personendaten mit externen Datenquellen, bspw. Melderegister

Auf dieser Grundlage wurde 2014 die Unabhängige Treuhandstelle der Universitätsmedizin Greifswald (THS) per Beschluss des Vorstandes der UMG als zentrale Einrichtung der Universitätsmedizin errichtet und ihr die Unabhängigkeit und Weisungsfreiheit gegenüber der UMG zugesichert.

Das Datenschutz- und IT-Sicherheitskonzept der THS wurde 2014 vom Landesdatenschutzbeauftragten M-V positiv votiert und als „in vielerlei Hinsicht für vorbildlich“ erachtet. Das Konzept der Treuhandstelle wurde in den letzten Jahren erfolgreich etabliert. Die Liste der Mandanten umfasst folgende Einrichtungen bzw. Projekte:

• Zentrales Klinisches Krebsregister M-V (ZKKR)
• Nationale Kohorte e.V. (NAKO)
• Deutsches Zentrum für Herz-Kreislauf-Forschung e.V. (DZHK)
• Medizinische Fakultät der CAU Kiel
• GANI_MED (Universitätsmedizin Greifswald) (Ausgelaufen)

• Homepage der Treuhandstelle

Durch die Transferstelle für Daten- und Biomaterialienmanagement an der Schnittstelle zwischen Community Medicine, Molekularer Medizin und Individualisierter Medizin an der Universitätsmedizin Greifswald werden Untersuchungsdaten und Biomaterialien aus bevölkerungsbezogenen Kohortenstudien der Community Medicine und aus klinischen Kohorten des GANI_MED-Projektes einem breiten Interessent*innenkreis zur Verfügung gestellt.

Die Transferstelle unterstützt den Forschungsverbund Community Medicine (FVCM) bei der Verwaltung der Daten und Biomaterialien der Studien „Study of Health in Pomerania“ (SHIP), „Survey of Neonates in Pomerania“ (SNiP), und „Greifswald Approach to Individualized Medicine“ (GANI_MED). Die Nutzung der in diesen Studien gesammelten Daten und Biomaterialien kann in einem transparenten und effektiven Verfahren bei der Transferstelle beantragt werden. Diese koordiniert die Prüfung und Genehmigung der Anträge durch den Vorstand des FVCM und die Übergabe der beantragten Daten und Biomaterialien. Zu diesem Zweck wurden Tools und Prozeduren entwickelt, die eine zeitnahe Bearbeitung und Genehmigung der Anträge erlauben und eine datenschutzgerechte und sichere Dokumentation gewährleisten. Der Ablauf dieses Prozesses ist in der folgenden Abbildung dargestellt.

Der Erfolg dieser kooperativen Strategie lässt sich an der stetig steigenden Zahl von Nutzungsanträgen sowie der bis heute außerordentlich geringen Anzahl an Konflikten ablesen.

Angesiedelt ist die Transferstelle am Institut für Community Medicine in der Abteilung SHIP-KEF unter der Leitung von Prof. Henry Völzke und Prof. Carsten Schmidt.

Die Core Unit Datenintegrationszentrum bietet den Forschenden der UMG folgende Leistungen an:

• Wartung, Serverinfrastruktur, Lizenzierung Technischer Betrieb des KAS+ TP-F (incl MDR) für das klinische FDM
• Konzeption von Datenabfragetools Datenmanagement
• Schulungsangebote (in Zusammenarbeit mit der Universität)
• Angebotserstellung für Projektvorhaben
• Konzepte für das FDM in Projektvorhaben (ab Antragsphase)
• Erstellung von DMPs und IT-Konzepten für das FDM
• Individuelle Lösungen für die Datenverwaltung und Datenausleitung (gemeinsam mit Partnerstrukturen)
• Erstellung von eCRFs, Datenqualitätsanalysen
• Unterstützung bei der Anbindung lokaler Krankenhaussysteme an überregionale Register

Sprechen Sie uns an, wenn Sie darüber hinaus eine Frage zu Ihrem Datenmanagement haben oder Unterstützung benötigen.

• Homepage der CU Datenintegrationszentrum